کنکور ارشد مانند کنکور دکتری هر ساله در دو وزارت خانه و به طور مجزا برگزار می شود. یکی از این آزمون ها کنکور کارشناسی ارشد وزارت بهداشت و دیگری ارشد وزارت علوم می باشد که توسط وزارت علوم تحقیقات و فناوری برگزار می شود و اقدام به جذب دانشجو می کند. تمام مراحل از جمله ثبت نام، دفترچه، زمان برگزاری، رشته های امتحانی و حتی مواد آزمون این دو آزمون ارشد مجزا از یک دیگر هستند. اکثر دانشجویان رشته فنی و مهندسی که جامعه مهندسین را تشکیل می دهند، تنها می توانند در کنکور ارشد وزارت علوم شرکت کنند.
علاقه مندان به کنکور ارشد باید بدانند که، وزارت علوم به آن ها اجازه شرکت در دو رشته امتحانی را داده است. شرط تجانس در انتخاب رشته امتحانی دوم نیز وجود ندارد اما داوطلب برای این انتخاب، تنها از بین رشته های امتحانی شناور موجود در دفترچه ثبت نام کنکور کارشناسی ارشد مجاز خواهد بود. برخی از شرکت کنندگان، علاقه مند به انتخاب دو رشته امتحانی شناور به عنوان رشته امتحانی اول و دوم هستند. به این دسته از داوطلبان باید گفت که سامانه ثبت نام، تنها اجازه ی انتخاب یک رشته امتحانی شناور را به شما می دهد و در صورت انتخاب رشته امتحانی شناور به عنوان رشته امتحانی اول، مجاز به انتخاب رشته شناور دیگری به عنوان رشته امتحانی دوم نخواهید بود.