سایت سنجش آموزش پزشکی در ابتدا اقدام به انتشار کارنامه اولیه آزمون ارشد علوم پزشکی می کند تا داوطلبان از درصد هر درس، تراز، رتبه و وضعیت مجاز بودن خود مطلع شوند. سپس بازه زمانی را تحت عنوان مهلت انتخاب رشته اعلام می کند که داوطلبان متقاضی انتخاب رشته بایستی به انتخاب رشته بپردازند.
شرکت کنندگانی که از وضعیت کارنامه خود رضایت داشته باشند باتوجه به شانس قبولی، از دفترچه انتخاب رشته، کد رشته محل های خود را انتخاب می کنند و به ثبت در سایت انتخاب رشته می رسانند. در این مرحله نوبت به انتشار نتایج انتخاب رشته ارشد پزشکی می رسد.