از بخش های مهم آزمون کارشناسی ارشد، انتخاب رشته این آزمون می باشد و متقاضیان پس از اعلام نتایج کارشناسی ارشد 99، بایستی انتخاب رشته انجام دهند. البته امکان انجام دادن فرآیند انتخاب رشته، بسته به عملکرد شما در آزمون می باشد و در صورتی که عنوان "مجاز به انتخاب رشته" را در کارنامه خود مشاهده نمایید، امکان انتخاب رشته برایتان فراهم خواهم بود. برخی از داوطلبان به دلایل گوناگون در انتخاب رشته خود صحیح عمل نمی کنند و نیاز به ویرایش انتخاب رشته کارشناسی ارشد سراسری و آزاد پیدا می کنند که سازمان سنجش آموزش کشور و دانشگاه آزاد اسلامی اجازه ویرایش انتخاب رشته را به داوطلبان می دهند.